Placé depuis 1989 sous l'autorité du recteur, de l'autorité militaire et du Président de l'association régionale des auditeurs de l'Institut des Hautes Etudes de Défense Nationale, le trinôme académique est chargé de promouvoir l'esprit de défense à travers des actions et des formations à l'attention des élèves, des enseignants et de tous les responsables du système éducatif. 

Une réserve citoyenne d'appui aux écoles et aux établissements scolaires est créée dans l'académie. Les enseignants peuvent régulièrement faire appel à des intervenants extérieurs dans leurs classes pour illustrer leur enseignement dans l'un des champs d'expertise définis par le ministère.

Le ministère de la défense soutient des projets pédagogiques mis en œuvre dans les établissements scolaires publics et privés sous contrat des premier et second degrés. Les projets présentés sont étudiés dans le cadre d'une commission bilatérale de coopération pédagogique (CBCP), composée de représentants des deux ministères.

Le trophée civisme et défense récompense les meilleures actions de citoyenneté et de solidarité entre la société civile et les armées. Les particuliers, les établissements scolaires et les associations peuvent participer à ce concours.

Mercredi 6 décembre, à Marseille, au château Saint-Victor, siège de l'Etat-Major de la zone de défense sud, les différents représentants des ministères concernés (Armées, Education nationale, Agriculture et Alimentation) et les délégués de l'IHEDN de la zone de défense Sud, ont solennellement signé la déclinaison zonale du protocole interministériel.