L'organisation du contrôle de légalité des actes des EPLE de l'académie de Toulouse est précisée par les circulaires académiques du 8 juillet 2005 et du 31 mai 2006.
La première met en oeuvre la réforme du régime d'entrée en vigueur, de transmission et de contrôle des actes des établissements définie par l'ordonnance n°2004-631 du 1er juillet 2004 et
le décret n°2004-85 du 27 août 2004
. Cette réforme limite le nombre des actes transmissibles.
La seconde circulaire rappelle le cadre juridique de la réforme introduite par le décret n°2005-1145 du 9 septembre 2005 qui a modifié le décret n°85-924 du 30 août 1985 relatif aux EPLE codifié par le décret n°2008-263 du 14 mars 2008 (articles R421-1 à R421-78). Sont rappelés le régime juridique des délégations de compétence et de signature, et leurs conséquences sur le contrôle de légalité des actes des EPLE.
Au sein des services académiques, les établissements qui dépendent du Conseil Régional sont contrôlés par le Rectorat, ceux qui dépendent du Conseil Général sont contrôlés par l'inspection académique, à l'exception des collèges de la Haute-Garonne.
Le contrôle de légalité opéré sur les actes des EPLE s'exerce à un double titre : au titre de l'autorité académique, mais aussi, par délégation de Messieurs les Préfets, au titre du représentant de l'Etat.
Si l'objectif du contrôle de légalité reste préventif par le moyen d'observations communiquées aux établissements, voire par la demande d'une seconde lecture de l'acte devant le conseil d'administration,la procédure du déféré préfectoral applicable aux actes du fonctionnement (pour les actes de l'action éducatrive, le Recteur et l'IA-DSDEN ont un pouvoir d'annulation), déléguée par les Préfets à Monsieur le Recteur, à l'exception des Préfets du Lot et du Tarn, constitue un dernier recours en cas d'illégalité persistante.