La labellisation E3D s'adresse aux écoles, aux collèges et aux lycées généraux, technologiques et professionnels, ainsi qu'aux centres de formation d'apprentis et plus globalement à toutes les structures scolaires. Il est attribué dès lors que l'EDD devient un moyen de pilotage de tous les acteurs et problématiques de l'établissement au service d'une approche vertueuse vers la transition écologique.

Depuis la rentrée 2020, il existe également une labellisation de territoire E3D : sur un même territoire plusieurs structures scolaires peuvent viser ensemble un label E3D collectif (exemples : une circonscription, un réseau d'écoles et son collège, un réseau collèges et lycées, mais aussi une cité scolaire ou un réseau d'éducation prioritaire).

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